Über den Dialog "Dateneingabe" können Details zur Anamnese, zu klinischen Befunden, und Scores eingegeben werden. Zu den besonderen Merkmalen von MSDS Klinik gehört eine Bioprobendatenbank, ein graphischer Stammbaumgenerator, die Dokumentation eines Minimaldatensatzes, eine graphische Verlaufsdarstellung und ein Studienprotokolleditor.